Киселият трън е ценно растение. Зрелите му плодове се употребяват за храна, а сушени и смлени се използват като подправка за месни блюда и супи от варива. С тях може да се багрят тъкани в лимоненожълта багра. От младите му листа пък може да се приготвят салати. В употреба влиза и твърдата му дървесина, а от цветовете пчелите изработват златист и ароматен мед.
Но киселият трън е известен още от древни времена и като лекарствено растение. Всичките му части съдържат алкалоиди, витамин С и Е, органични киселини, минерални соли, а в периода на плодоносенето – и етерични масла.
Настойката от листата му притежава кръвоспиращи и жлъчегонни свойства. Препаратите от него стимулират съкращенията на мускулатурата, предизвикват понижаване на тонуса на жлъчния мехур. Те проявяват и болкоуспокояващо и противовъзпалително действие. Медицината ги използва при лечението на холецистит и дискинезия на жлъчката, както и при някои злокачествени тумори.
В хомеопатията киселият трън се прилага във вид на тинктура от изсушените му кора и корени, накиснати в 60-процентов спирт. Вместо нея рядко се използва съдържащият се в растението алкалоид берберин във вид на прах с млечна захар или разтвор в 90-процентен спирт.
В народната медицина билката се използва и при заболявания на бъбреците, черния дроб, отделителните пътища, а също и като потогонно средство.
Използваеми части: листата и корените. Листата се берат по време на бутонизацията и цъфтежа, а корените – от ранна пролет до образуването на цветните пъпки или през есента след узряването на плодовете.